La historia es el alma de los pueblos; es el espíritu que los impulsa a metas superiores; es la fuerza vital que les permite afrontar el futuro con decisión y hasta con rebeldía; es la conciencia colectiva que trae sosiego y paz al conocer y desentrañar las raíces profundas de nuestras colectividades, sus momentos de gloria y de tristezas, sus conquistas cargadas de esfuerzo y de frustraciones, con las lágrimas y el sacrificio de hombres y mujeres que en el pasado escribieron sus páginas y que hoy nosotros debemos descubrirlas, conocerlas y valorarlas para extraer de ellas sus lecciones que nos impulsen a construir un presente y un futuro de esperanza.
 
El origen del nombre conocida desde la antigüedad que es » el Rosario de Cuyes» con el que se conoció al rio y a la región del piedemonte andino, en donde se ubica la parroquia y «San Miguel» que es un nombre dado los nuevos colonizadores del lugar.
A raíz de la invasión Inca, los zhirnenos huyeron hacia un valle, en donde encontramos una enorme cantidad de cuyes salvajes y fue tanta su impresión que decidieron llamarlo «Cuyes», nombraron a este roedor coma su emblema tutelar. Se cuenta también que sacaron mucho provecho de la bondad de esta tierra, de las aves exóticas que en ella había, de los árboles resinosos y sobre todo del oro.
 
El Cuy debió ser un animal considerado como sagrado y era utilizado para los sacrificios que ofrecían a los dioses, especialmente por parte de los Incas, por eso que esta región en la que se lo encontraba en grandes cantidades debió ser considerado un lugar predilecto, esto explicaría su presencia, pese a los peligros por la cercanía con las tribus orientales.
El nombre de San Miguel de Cuyes es más bien contemporáneo y fue puesto por los primero pobladores, quienes en su mayoría provienen de Jima, en honor al primer santo San Miguel Arcángel 
 
San Miguel de Cuyes debe ser considerado y así lo fue en el pasado como una zona de transición entra la Sierra y la Amazonia, participa de las características de la sierra y la Amazonia, con un clima frio y templado, que era y es óptimo no solo para la agricultura sino para facilitar la presencia y el asentamiento humano.